全球首個(gè)生物芯片產(chǎn)品問世雖然已有20多年的時(shí)間，但生物芯片分類方式仍沒有完全統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)。比較常見的分類方式有3種，分別是按用途、作用方式和成分來分類。
（1）用途分類
生物電子芯片：用于生物計(jì)算機(jī)等生物電子產(chǎn)品的制造。
生物分析芯片：用于各種生物大分子、細(xì)胞、組織的操作以及生物化學(xué)反應(yīng)的檢測(cè)。生物電子芯片目前在技術(shù)和應(yīng)用上并不十分成熟，一般情況下所指的生物芯片主要為生物分析芯片。
（2）作用方式分類
主動(dòng)式芯片：是指把生物實(shí)驗(yàn)中的樣本處理純化、反應(yīng)標(biāo)記及檢測(cè)等多個(gè)實(shí)驗(yàn)步驟集成，通過一步反應(yīng)就可主動(dòng)完成。 特點(diǎn)是快速、操作簡(jiǎn)單，因此有人又將它稱為功能生物芯片。主要包括微流體芯片（microfluidic chip）和縮微芯片實(shí)驗(yàn)室（lab on chip，也叫“芯片實(shí)驗(yàn)室”，是生物芯片技術(shù)的高境界）。
被動(dòng)式芯片：即各種微陣列芯片，是指把生物實(shí)驗(yàn)中的多個(gè)實(shí)驗(yàn)集成，但操作步驟不變。 其特點(diǎn)是高度的并行性，目前的大部分芯片屬于此類。由于這類芯片主要是獲得大量的生物大分子信息，最終通過生物信息學(xué)進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘分析，因此這類芯片又稱為信息生物芯片。包括基因芯片、蛋白芯片、細(xì)胞芯片和組織芯片。
（3）成分分類
基因芯片（genechip）：又稱DNA芯片（DNA chip）或DNA微陣列（DNA microarray），是將cDNA或寡核苷酸按微陣列方式固定在微型載體上制成。
蛋白質(zhì)芯片（proteinchip或protein microarray）：是將蛋白質(zhì)或抗原等一些非核酸生命物質(zhì)按微陣列方式固定在微型載體上獲得。芯片上的探針構(gòu)成為蛋白質(zhì)或芯片作用對(duì)象為蛋白質(zhì)者統(tǒng)稱為蛋白質(zhì)芯片。
細(xì)胞芯片（cellchip）：是將細(xì)胞按照特定的方式固定在載體上，用來檢測(cè)細(xì)胞間相互影響或相互作用。
組織芯片（Tissuechip）：是將組織切片等按照特定的方式固定在載體上，用來進(jìn)行免疫組織化學(xué)等組織內(nèi)成分差異研究。
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